生物安全柜的選擇需要根據(jù)所涉及微生物試驗品或產(chǎn)品的致命性，傳播媒介等因素，這些因素可劃分為一至四級生物安全水平（BSL）：

　　生物安全水平 致命性 媒介 可治愈性 范例

　　BSL-1 無或極低 液體 可以 BS*

　　BSL-2 一般 液體 可以 HIV

　　BSL-3 高 空氣 可以 TBC

　　BSL-4 *　空氣　不可　Ebola　

　　* Bacillus subtilis （草芽孢桿菌）

　　被分類為生物安全水平一級和二級的微生物試驗品或產(chǎn)品不會產(chǎn)生氣溶膠，因此在開放的實驗臺面上開展工作；而對于一些可能涉及或者產(chǎn)生有害生物物質(zhì)的操作過程都應(yīng)該在生物安全柜內(nèi)進(jìn)行，在這些條件下使用二級的生物安全柜。二級的試驗品或產(chǎn)品是可以通過液體傳播，所以操作人員必須對于污染的銳器要特別注意。客戶在選購安全柜時，也因注意確保沒有突出的銳角，在使用時也需要每天清理工作臺面。

　　在三級的生物實驗室中，所有與傳染源操作有關(guān)的步驟，都在二級或者三級生物安全柜中進(jìn)行，并由穿戴合適防護服的實驗人員進(jìn)行；對于四級，所有工作應(yīng)限制在三級生物安全柜中；假若在二級生物安全柜中進(jìn)行，必須使用裝備生命支持系統(tǒng)的一體正壓防護服。值得特別注意的是，當(dāng)出現(xiàn)新型不明微生物時，也必須在四級生物安全防護實驗室中進(jìn)行。待有充分?jǐn)?shù)據(jù)后再決定此種微生物或毒素應(yīng)在四級還是在較低級別的實驗室中處理。